4文字の答えは3つあるので、画像のように1発は西側の4階建てのビルから真東に撃ったと考えられます。

最初の1発で答えが4文字の謎3問を打ち抜いたことから、残り1発で答えが3文字、5文字、6文字の謎を撃っている必要があります。
一直線に3階建て、5階建て、6階建てのビルの屋上にあった謎を撃ち抜くには、画像のように地図左下の1階建てのビルから斜め右上に撃ったと考えられます。

これは射線が交差する場所にあった1問が2回撃たれていたことと合致します。

つまり謎があったのは画像の赤丸の位置です。

弾痕の最も大きな「きりふだ」の問題が一番西、2発撃たれていた「こなごな」の問題が中央、残りの「こうにん」の問題が一番東に位置します。

西から順に謎の答えは

西
↑
「キリフダ」
「ナイフ」
「コナゴナ」
「ゴソウシャ」
「カクトウセン」
「コウニン」
↓
東

となっています。
指示通りそれぞれの4、2、3、2、4、1文字目を読んでいくと答えは「ダイゴソウコ（第五倉庫）」となります。

最後の答えは「第五倉庫」です。入力しましょう。